公开数据集
数据结构 ? 5882.36M
Data Structure ?
* 以上分析是由系统提取分析形成的结果,具体实际数据为准。
README.md
Context
The soil in composed of thousands of different species, mostly bacteria. Through citizen science we collect samples from different locations around Somerville, MA, run protocols to extract soil-organism dna, and then send samples for sequencing.
Content
This data repository is the raw structure and files (i believe) received from the company that ran the sequencing.
[TODO - who's the vendor?]
**analysisfiles/**
includes the "results" of the composition of bacteria in each sample ('L1', 'L2', 'L3', 'L4', 'M1', 'M2', 'SH3', 'SH4', 'SH5','SH6') by hierarchy (['genus', 'kingdom', 'class', 'order', 'unknown', 'phylum', 'family', 'identity', 'species'])
**pipeline/**
I don't know (the secondary data needed to process the raw reads into known/species breakdowns?)
**fasta-qual-mapping-files/**
I don't know (the raw reads in another format?)
**root/*.fastq**
I don't know (the raw reads for all samples?)
notes:
many .txt files are tab-separated-files:
each .txt has an txt.xlsx formatted copy, designed for easy browsing
Acknowledgements
Data collection by: Mrina Nikrad, Dennis Oleksyuk, Raphael Laurenceau
Our Lab website: https://www.boslab.org/
Inspiration
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