公开数据集
数据结构 ? 1.51M
Data Structure ?
* 以上分析是由系统提取分析形成的结果,具体实际数据为准。
README.md
该MALDI-TOF数据集包括:
A) 一个由20种革兰氏阳性和阴性细菌组成的参考小组,涵盖9个属,其中有几种已知难以通过质谱(MALDI-TOF)进行区分。每个物种由7到20个细菌菌株获得的11到60个质谱表示,构成了213个菌株获得的571个质谱数据集。根据临床常规中使用的基于标准培养的工作流程获得光谱,其中微生物首先在琼脂平板上培养24至48小时,然后提取部分菌落,在MALDI玻片上进行斑点,并获得质谱。
B) 基于该参考面板,构建了专用的体外模拟混合物数据集。为此,我们考虑了10对不同分类接近度的物种:
*4种混合物,标记为A、B、C和D,涉及属于同一属的物种,
*2种混合物,标记为E和F,涉及属于不同属但属于相同革兰氏类型的物种,
*4种混合物,标记为G、H、I和J,涉及属于不同革兰氏类型的物种。
每个混合物由2对菌株表示,它们按照以下9个浓度比进行混合:1:0、10:1、5:1、2:1、1:1、1:2、1:5、1:10、0:1。
针对每个浓度比和每对菌株获得了两个重复光谱,总共形成了360个光谱数据集,其中80个光谱实际上是纯样品光谱。
Attribute Information:
Provide information about each attribute in your data set.
Relevant Papers:
Mahé et al. (2014). Automatic identification of mixed bacterial species fingerprints in a MALDI-TOF mass-spectrum. Bioinformatics.
Vervier et al., A benchmark of support vector machines strategies for microbial identification by mass-spectrometry data, submitted
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Pierre Mahé, pierre.mahe '@' biomerieux.com, bioMérieux
Jean-Baptiste Veyrieras, jean-baptiste.veyrieras '@' biomerieux.com, bioMérieux
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