基因组规模的数据有可能澄清生命树的系统发育关系，但也揭示了广泛的基因树冲突。这一看似矛盾的现象表明，理解冲突的根源对于准确重建进化历史非常重要，更大的数据集既增加了统计可信度，又揭示了显著的不一致性。

我们在有鳞爬行动物中探索这个悖论，有鳞爬行动物是由蜥蜴、蛇和两栖类组成的脊椎动物分支。我们收集了91种鳞状体的平均5103个位点，这些鳞状体在分支内跨越了更高层次的多样性，我们用公开的序列补充了另外17个分类群。使用逐位点方法，我们评估了在系统发育中17个有争议的节点对替代拓扑的支持。我们确定了冲突基因座的共同特性，发现比率和成分异质性导致基因树和物种树之间的不一致，冲突基因座很少在有争议的节点上重叠。最后，通过比较我们对节点冲突的测试和以前的系统基因组学研究，我们自信地解决了17个问题节点中的9个。我们建议，这种逐位点和逐节点的方法可用于在其他有争议群体的系统基因组学研究中建立拓扑分辨率仍然不确定的共识。